سلام
به جمع پارسی‌لاتک خوش آمدید.
در مورد خطای شما باید فایل log دیده شود تا اطلاعات کافی در مورد فایل شما و نسخه‌ی توزیع شما دیده شود اما اگر از تکلایو استفاده می‌کنید بهتر است از نسخه‌ی به‌روز آن استفاده کنید (در توضیح خطا به این اشاره شده که گزینه‌ی extrafootnotefeatures را نمی‌شناسد و این مورد برای نسخه‌های قدیمی ممکن است رخ داده باشد) . این صفحه را ببینید.
در فایلتون هم چند نکته وجود دارد:
اول این‌که برای تعیین تعداد ستون‌ها دستوری در فایل شما وجود نداشت. در حالت دوستونه باید از ساختار آن و به صورت زیر استفاده کنید:
\twocolumnfootnotes
دوم این‌که در فایل شما پاورقی ایجاد نشده بود.
سوم این‌که نیازی به استفاده از بسته‌ی footmisc نیست.
چهارم این‌که با توجه به توضیحات این صفحه بسته‌ِی perpage نیاز نیست و برای شروع پاورقی در هر صفحه از یک از ساختار زیر و با توجه به نظر استاد خلیقی در قسمت نظرات استفاده کنید:
\usepackage{zref-perpage}
\zmakeperpage{footnote}
با این توضیحات دستورات شما مطابق زیر است:
\documentclass[a4paper,12pt]{report}
\usepackage[top=3cm,bottom=2.5cm,left=2.5cm, right=3cm]{geometry}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{caption}
\captionsetup{font=small,labelfont=bf}
\usepackage{zref-perpage}
\zmakeperpage{footnote}
\usepackage[logo=on,pdfinfo=on,
extrafootnotefeatures]{xepersian}
\settextfont[Scale=1.2]{Yas}
\setlatintextfont[Scale=1.2]{PGaramond}
\setmathdigitfont[Scale=1.1]{Parsi Digits}
%\setdigitfont[Scale=1.1]{Parsi Digits}
\twocolumnfootnotes
\begin{document}
فصلها
\footnote{پانویس اول}
\footnote{پانویس دوم}
\footnote{پانویس سوم}
\footnote{پانویس چهارم}
\LTRfootnote{first}
\LTRfootnote{second}
\newpage
\footnote{پانویس اول}
\footnote{پانویس دوم}
\footnote{پانویس سوم}
\RTLfootnote{پانویس چهارم}
\LTRfootnote{first}
\LTRfootnote{second}
\end{document}
و خروجی‌های شما برای دو صفحه‌ی متوالی و با نسخه‌ی اولیه‌ی تکلایو 2018 مطابق زیر است:
موفق باشید.
